As axilas abrigam uma complexa comunidade de microrganismos, a chamada microbiota. Nilton Lincopan, Professor do Departamento de Microbiologia do Instituto de Ciências Biomédicas da Universidade de São Paulo, explica que essa flora bacteriana desempenha funções importantíssimas, como "barreira natural contra microrganismos nocivos, equilíbrio fisiológico como pH e umidade e produção de antibióticos naturais". Porém, algumas bactérias como Staphylococcus hominis e Corynebacterium tuberculostearicum são grandes contribuintes para o mau odor das axilas, por exemplo.
